CD-Labors und JR-Zentren können zu allen Themen, in denen Unternehmen Forschungsbedarf haben, eingerichtet werden. Die Förderprogramme der CDG machen keinerlei thematische Vorgaben und vermeiden Einschränkungen. Dennoch hat sich im Lauf der Jahre eine gewisse thematische Clusterbildung ergeben. Eine enge Zusammenarbeit von Forschungseinheiten innerhalb eines Clusters wird von der CDG ermutigt, aber nicht verlangt. Dabei spielen auch wettbewerbliche Überlegungen der jeweiligen Unternehmenspartner eine Rolle.
Die Forschungsthemen können sieben Clustern zugeordnet werden. Die Schwerpunkte der Forschungsthemen reflektieren den Bedarf der österreichischen Wirtschaft an Innovation.